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京都遺伝子ゲノム百科辞典は、ゲノム情報、化学情報、機能情報を統合したバイオインフォマティクスデータベースであり、分子レベルでの生物学的システムを理解するための世界的に利用されているリソースの一つである。京都大学化学研究所の金久頼明研究室によって運営され、一九九五年から継続的にサービスを提供している。代謝、遺伝情報処理、環境情報処理、細胞プロセス、生物体システム、ヒト疾患などの分子相互作用ネットワークを図示したパスウェイマップを手動でキュレーションした包括的なコレクションを提供する。研究者はトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスなどの大規模分子データセットを生物学的経路にマッピングすることで、機能の enriched を特定し、実験観察の生物学的文脈を理解する。パスウェイマップデータベースに加えて、遺伝子を生物をまたがる機能カテゴリにリンクするオーソロググループ、生化学分子の化合物・反応データベース、治療標的に化学化合物をリンクする薬物データベース、遺伝的変異や分子変化を臨床状態に結びつける疾患データベースなど、複数の相互接続されたデータベースで構成されている。自動注釈サーバーは研究者が自身のゲノム配列データやメタゲノム配列データをオーソログデータベースにマッピングし、機能特性化を行うことを可能にする。分子生物学者、バイオインフォマティシャン、薬理学者、システム生物学者など、自身のデータを既知の生物学的経路と分子相互作用ネットワークの文脈に位置づける必要がある研究者にとって不可欠なプラットフォームである。