TarBase

TarBase είναι μια αξιόπιστη βάση δεδομένων που επικεντρώνεται στα στόχους των μικρο-RNA (miRNA) σε πρωτεϊνο编码ικές μεταγραφές. Η βάση δεδομένων περιλαμβάνει μόνο στόχους που υποστηρίζονται από πειραματικά δεδομένα, τα οποία αναγνωρίστηκαν μέσω υψηλής ή χαμηλής απόδοσης μεθόδων. Τα πρωτότυπα δεδομένα που παράχθηκαν από προηγμένες μεθόδους χαρτογράφησης του interactome (π.χ., HITS-CLIP, PAR-CLIP, CLASH) αναλύθηκαν ομοιόμορφα για να διατηρηθούν υψηλές προδιαγραφές ποιότητας, ενώ οι στόχοι που επιβεβαιώθηκαν μέσω χαμηλής απόδοσης μεθόδων συλλέχθηκαν μέσω χειροκίνητης επιλογής άρθρων. Πολλά προσπάθηματα έγιναν για να παρέχεται στους χρήστες μιας αρμονικής συλλογής δεδομένων. Για την αναγνώριση, χρησιμοποιήθηκαν οι ονοματολογίες Ensembl και miRBase. Η βάση δεδομένων περιλαμβάνει πλούσια μεταδεδομένα που αφορούν λεπτομέρειες για τις αλληλεπιδράσεις miRNA-γονίδα, τις πειραματικές ρυθμίσεις και τις αντίστοιχες δημοσιεύσεις. Επιπλέον, οι αλληλεπιδράσεις του TarBase συνδέονται με το PubMed, το Ensembl και το miRBase. Το TarBase είναι επίσης ομαλά συνδεδεμένο με περισσότερους από 86 εκατομμύρια υπολογιστικά αναγνωρισμένους στόχους miRNA που είναι διαθέσιμοι μέσω του DIANA-microT 2023 ( ως πόρο για την περαιτέρω εξερεύνηση των ζευγών miRNA-γονίδα που ενδιαφέρουν και την προσθήκη επιπλέον εμπιστοσύνης στις αλληλεπιδράσεις. Παρέχονται επίσης αλληλεπιδραστικές, ερευνητικές παραστάσεις και προηγμένες επιλογές φιλτράρισματος για τους χρήστες. Το σύνολο των περιεχομένων του TarBase-v9.0 είναι δωρεάν και ανοιχτό σε όλους τους χρήστες χωρίς καμία απαιτηση εγγραφής ή σύνδεσης. Αν βρείτε το TarBase χρήσιμο, παρακαλώ μην διστάσετε να το μοιραστείτε με άλλους ερευνητές και φίλους σας. Η βάση δεδομένων είναι ένας πολύτιμος πόρος για τους επιστήμονες που εργάζονται με μικρο-RNA και επιθυμούν να βρ